imported>Méiyue Lysithea: Đã thêm nhãn {{Chưa phân loại}}

2026-01-30T09:48:47Z

Trang mới

{{Short description|Realm of viruses}}
{{italics title}}
{{Virusbox
| image = Sphaerolipoviridae virion.png
| image2= Portoglobovirus virion.png
|image2_caption = Các virion của một [[Sphaerolipoviridae|sphaerolipovirus]] và một [[Portogloboviridae|portoglobovirus]].
| taxon = Halopanivirales
| name = ''Singelaviria''
| subdivision_ranks = Các phân bậc dưới
| subdivision = [[#Phân loại|Xem thêm]]
}}
'''''Singelaviria''''' là một [[Vực (virus học)|vực]] [[virus]] bao gồm tất cả các [[virus DNA]] có [[Mã di truyền|mã hóa]] các protein vỏ capsid chính chứa một [[nếp gấp cuộn thạch]] dọc đơn. Tất cả các virus trong ''Singelaviria'' đều có hai protein vỏ capsid chính (MCP) và cả hai đều có nếp gấp cuộn thạch đơn (SJR). Các MCP hình thành các tiểu đơn vị giả lục giác (pseudohexameric) của [[capsid]] virus, nơi lưu trữ [[axit deoxyribonucleic]] (DNA) của virus, và nằm dọc, hoặc vuông góc, với bề mặt của capsid. Ngoài MCP nếp gấp SJR (SJR-MCP), các virus trong vực cũng chia sẻ một protein vỏ capsid phụ (mCP) cũng có SJR dọc, một [[ATPase]] đóng gói DNA virus vào capsid, capsid có hình khối 20 mặt và màng lipid bên trong capsid bao quanh bộ gen virus.

Các virus trong ''Singelaviria'' lây nhiễm cho [[cổ khuẩn]] sống trong môi trường có độ mặn cao và [[vi khuẩn]] sống trong môi trường nhiệt độ cao. Bộ gen của chúng bao gồm DNA sợi đôi có dạng tuyến tính hoặc dạng vòng. Một số virus trong vực có khả năng sao chép theo cả chu trình tan, tạo ra các virion, và chu trình tiềm tan, trong đó virus cư trú trong tế bào vật chủ dưới dạng một [[episome]]. Một số virus trong vực có các gai trên các đỉnh của capsid có hình dạng giống như sừng hoặc cánh quạt.

Từ năm 2019 đến năm 2024, các virus trong ''Singelaviria'' được phân loại trong vực ''[[Varidnaviria]]'', vực chứa các virus DNA mã hóa các MCP có hai nếp gấp cuộn thạch dọc. Ban đầu người ta tin rằng những virus như vậy có nguồn gốc từ singelavirian, nhưng nghiên cứu sâu hơn cho thấy hai nhóm virus này có nguồn gốc tiến hóa riêng biệt, vì vậy dòng dõi SJR-MCP đã được trao vực riêng, ''Singelaviria'', vào năm 2025. Các nhà virus học tin rằng hai MCP của singelavirian là kết quả của một sự kiện nhân đôi gen của một MCP đơn lẻ được mã hóa bởi một virus giống [[Portogloboviridae|portoglobovirus]].

==Từ nguyên==
''Singelaviria'' là một từ ghép của ''sing'', từ tiếng Latinh ''singulus'', có nghĩa là "đơn", tiếng Latinh ''gelata'', có nghĩa là "thạch" (jelly), ám chỉ nếp gấp cuộn thạch, và -''viria'', hậu tố được sử dụng cho các vực virus.<ref name="varireorg">{{cite web|vauthors=Koonin EV, Fischer MG, Yutin N, Kuhn JH, Krupovic M|date=10 April 2024|title=Reorganization of the realm ''Varidnaviria''|url=https://ictv.global/system/files/proposals/pending/Animal%20DNA%20viruses%20and%20Retroviruses%20%28D%29%20proposals/2024.010D.A.v2.Varidnaviria_reorg.docx|website=ictv.global|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025|format=docx|archive-date=31 March 2025|archive-url=https://web.archive.org/web/20250331125423/https://ictv.global/system/files/proposals/pending/Animal%20DNA%20viruses%20and%20Retroviruses%20(D)%20proposals/2024.010D.A.v2.Varidnaviria_reorg.docx|url-status=dead}}</ref> Các thành viên của vực được gọi là ''singelavirian''.<ref name="koonin2024">{{cite journal|vauthors=Koonin EV, Kuhn JH, Dolja VV, Krupovic M|date=8 January 2024|title=Megataxonomy and global ecology of the virosphere|journal=ISME J|volume=18|issue=1|article-number=wrad042|doi=10.1093/ismejo/wrad042|pmc=10848233|pmid=38365236}}</ref> Giới ''Helvetiavirae'' có nguồn gốc từ tiếng Latinh ''helvetia'', có nghĩa là "Thụy Sĩ", ám chỉ bánh cuộn Thụy Sĩ (Swiss jelly rolls), và -''virae'', hậu tố được sử dụng cho các giới virus. Ngành ''Dividoviricota'' xuất phát từ tiếng Esperanto ''divido'', có nghĩa là "phân chia", ám chỉ hai protein vỏ capsid chính nếp gấp cuộn thạch đơn, và -''viricota'', hậu tố được sử dụng cho các ngành virus. Lớp ''Laserviricetes'' là một từ ghép của '''Ser'''pentine '''La'''ke (Hồ Serpentine) trên [[Đảo Rottnest]] ở Úc, nơi sphaerolipovirus đầu tiên, SH1, được phát hiện, và -''viricetes'', hậu tố được sử dụng cho các lớp virus. Cuối cùng, bộ ''Halopanivirales'' là một từ ghép của '''''Halo'''arcula his'''pani'''ca'', vật chủ của SH1, và -''virales'', hậu tố được sử dụng cho các bộ virus.<ref name=vari >{{cite web|vauthors=Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH|title=Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins|url=https://ictv.global/ictv/proposals/2019.003G.zip|website=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025|language=en|format=docx|date=18 October 2019}}</ref>

==Đặc điểm==
Tất cả các virus trong ''Singelaviria'' đều chứa một capsid được tạo thành chủ yếu từ hai protein vỏ capsid chính, cả hai đều chứa một nếp gấp cuộn thạch đơn dọc.<ref name=varireorg /> Các protein vỏ capsid chính được đặt tên như vậy vì chúng là các protein chính tạo nên capsid. Nếp gấp cuộn thạch là một loại cấu trúc gấp nếp trong protein, trong đó tám chuỗi beta đối song song được tổ chức thành bốn phiến beta đối song song trong một bố cục giống như bánh cuộn thạch (jelly roll), còn được gọi là bánh cuộn Thụy Sĩ (Swiss roll).<ref name=vari /><ref name=san >{{cite journal|vauthors=San Martin C, van Raaij MJ|date=23 November 2018|title=The So Far Farthest Reaches of the Double Jelly Roll Capsid Protein Fold|journal=Virol J|volume=15|issue=1|page=181|doi=10.1186/s12985-018-1097-1|pmc=6260650|pmid=30470230|doi-access=free}}</ref> Mỗi chuỗi beta là một trình tự axit amin cụ thể, và các chuỗi này liên kết với các chuỗi đối song song của chúng thông qua các liên kết hydro.<ref name=padma >{{cite book |vauthors=Robinson SW, Afzal AM, Leader DP |date=28 April 2014 |title=Handbook of Pharmacogenomics and Stratified Medicine |url= |chapter=Bioinformatics: Concepts, Methods, and Data |location= |publisher=Academic Press |pages=259–287 |isbn=9780123868831 |doi=10.1016/B978-0-12-386882-4.00013-X}}</ref> Các nếp gấp SJR nằm dọc, hoặc vuông góc, với bề mặt capsid, trái ngược với các nếp gấp ngang song song với bề mặt capsid.<ref name=san /> Trong quá trình lắp ráp capsid virus, các MCP tự lắp ráp thành các cấu trúc hình lục giác, gọi là hexon, chứa ba bản sao của cả hai MCP. Các hexon sau đó liên kết để tạo thành các mặt hình tam giác tương đối phẳng của capsid hình khối 20 mặt.<ref name=krupovic2022 >{{cite journal|vauthors=Krupovic M, Makarova KS, Koonin EV|title=Cellular homologs of the double jelly-roll major capsid proteins clarify the origins of an ancient virus kingdom|journal=Proc Natl Acad Sci U S A|volume=119|issue=5|article-number=e2120620119|date=1 February 2022|doi=10.1073/pnas.2120620119|doi-access=free |pmc=8812541|pmid=35078938|bibcode=2022PNAS..11920620K }}</ref>

Ngoài MCP chung, tất cả các singelavirian đều mã hóa một protein vỏ capsid phụ (mCP) có chứa nếp gấp SJR. Các mCP này lắp ráp thành các cấu trúc hình ngũ giác, gọi là penton, tạo thành các đỉnh hình ngũ giác của capsid hình khối 20 mặt.<ref name=krupovic2022 /> Singelavirian cũng mã hóa một ATPase đóng gói bộ gen thuộc siêu họ FtsK-HerA. Các ATPase trong ''Singelaviria'' là các enzyme đóng gói DNA virus vào capsid trong quá trình lắp ráp virion.<ref name=vari /> FtsK-HerA là một họ protein chứa một miền xuyên màng với bốn chuỗi xoắn xuyên màng ở [[Đầu N|đầu chuỗi axit amin của protein]], một vùng cuộn xoắn (coiled-coil) trung tâm, và một ATPase với nếp gấp vòng P ở [[Đầu C|cuối chuỗi axit amin của protein]]. Protein FtsK được tìm thấy ở gần như tất cả các vi khuẩn và protein HerA ở tất cả các cổ khuẩn và một số vi khuẩn.<ref name=iyer >{{cite journal|vauthors=Iyer LM, Makarova KS, Koonin EV, Aravind L|date=2004|title=Comparative genomics of the FtsK–HerA superfamily of pumping ATPases: implications for the origins of chromosome segregation, cell division and viral capsid packaging|journal=Nucleic Acids Res|volume=32|issue=17|pages=5260–5279|doi=10.1093/nar/gkh828|pmc=521647|pmid=15466593}}</ref>

Capsid của singelavirion có hình khối 20 mặt. Bên trong capsid là một màng lipid bao quanh bộ gen của virus.<ref name=sphaeroprofile >{{cite journal|vauthors=Demina TA, Dyall-Smith M, Jalasvuori M, Du S, Oksanen HM|date=March 2023|title=ICTV Virus Taxonomy Profile: ''Sphaerolipoviridae'' 2023|journal=J Gen Virol|volume=104|issue=3|pages=|doi=10.1099/jgv.0.001830|pmc=12643093|pmid=36916406|url=https://ictv.global/report/chapter/sphaerolipoviridae/sphaerolipoviridae}}</ref><ref name=simuloprofile >{{cite journal|vauthors=Liu Y, Du S, Chen X, Dyall-Smith M, Jalasvuori M, Oksanen HM|date=April 2023|title=ICTV Virus Taxonomy Profile: ''Simuloviridae'' 2023|journal=J Gen Virol|volume=104|issue=4|pages=|doi=10.1099/jgv.0.001841|pmc=12642351|pmid=37093734|url=https://ictv.global/report/chapter/simuloviridae/simuloviridae}}</ref><ref name=matsuproposal >{{cite web|vauthors=Oksanen HM, Krupovic M, Jalasvuori M|date=29 July 2020|title=Create one new family (''Matsushitaviridae'') including one renamed genus (''Hukuchivirus'' – formerly ''Gammasphaerolipovirus'') moved from the family ''Sphaerolipoviridae'' (''Halopanivirales'')|url=https://ictv.global/ictv/proposals/2020.100B.R.Matsushitaviridae.zip|website=ictv.global|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025|format=docx}}</ref> Màng lipid được lấy từ màng tế bào vật chủ và chứa các protein đặc hiệu của virus gắn trong đó.<ref name=sphaeroprofile /> Sphaerolipovirus có hai protein khung hướng dẫn vị trí của các tiểu đơn vị capsid, được gọi là capsomere, và chúng có các gai tại các đỉnh của capsid để gắn vào bề mặt tế bào. Những chiếc gai này được tạo thành từ nhiều protein và có hình dạng giống như sừng hoặc cánh quạt.<ref name=sphaeroprofile />

Cấu trúc của bộ gen thay đổi tùy theo họ: sphaerolipovirus có bộ gen DNA sợi đôi (dsDNA) tuyến tính dài 28–31 kilobase (kbp),<ref name=sphaeroproposal >{{cite web|vauthors=Dyall-Smith M, Porter K, Tan SL, Pawlowski A, Rissanen I, Bamford JK, Krupovic M, Jalasvuori M|date=June 2014|title=Create the family ''Sphaerolipoviridae'', comprising three new genera and 6 new species|url=https://ictv.global/ictv/proposals/2013.001a-oB.A.v4.Sphaerolipoviridae.pdf|website=ictv.global|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025}}</ref> simulovirus có bộ gen dsDNA dạng vòng dài 16–19 kbp,<ref name=simuloprofile /> và matsushitavirus có bộ gen dsDNA dạng vòng dài 17–19,6 kbp.<ref name=in93 >{{cite journal|vauthors=Matsushita I, Yanase H|date=December 2009|title=The genomic structure of thermus bacteriophage {phi}IN93|journal=J Biochem|volume=146|issue=6|pages=775–785|doi=10.1093/jb/mvp125|pmc=|pmid=19675097|doi-access=free}}</ref><ref name=p2377 >{{cite journal|vauthors=Rissanen I, Grimes JM, Pawlowski A, Mäntynen S, Harlos K, Bamford JK, Stuart DI|date=7 May 2013|title=Bacteriophage P23-77 capsid protein structures reveal the archetype of an ancient branch from a major virus lineage|journal=Structure|volume=21|issue=5|pages=718–726|doi=10.1016/j.str.2013.02.026|pmc=3919167|pmid=23623731}}</ref> Sphaerolipovirus là virus [[Chu trình tan|tan]] (lytic), tức là nhiễm trùng dẫn trực tiếp đến [[tan bào]] (lysis) và chết tế bào vật chủ.<ref name=sphaeroprofile /> Mặt khác, simulovirus và matsushitavirus là virus [[Virus ôn hòa|ôn hòa]] có khả năng thực hiện cả chu trình tan và [[chu trình tiềm tan]]. Trong chu trình tiềm tan, simulovirus cư trú dưới dạng [[provirus]] trong tế bào vật chủ như các [[episome]] ngoài nhiễm sắc thể. Hơn nữa, chúng mã hóa một protein kiểm soát việc chuyển đổi từ chu trình tiềm tan sang chu trình tan và ngược lại.<ref name=sphaeroprofile /><ref name=simuloprofile /> Simulovirus và sphaerolipovirus lây nhiễm cho cổ khuẩn cư trú trong môi trường có độ mặn cao,<ref name=sphaeroprofile /><ref name=simuloprofile /> trong khi matsushitavirus lây nhiễm cho vi khuẩn sống trong môi trường nhiệt độ cao.<ref name=matsuproposal />

==Phát sinh chủng loại==
Singelavirian có khả năng tiến hóa từ một virus giống [[Portogloboviridae|portoglobovirus]] có mã hóa một SJR-MCP dọc đơn lẻ. Hai SJR-MCP của singelavirian dường như là kết quả của một sự kiện nhân đôi gen đã sao chép SJR MCP đơn lẻ đó. Tổ tiên của SJR-MCP portoglobovirus chưa được biết nhưng được giả thuyết là một protein chứa SJR của tế bào. Protein vỏ capsid phụ (mCP) được cho là đã tiến hóa từ các protein SJR ngũ giác của tế bào. Singelavirian, giống như các virus thuộc ''Varidnaviria'', mã hóa một ATPase thuộc siêu họ FtsK-HerA. Tuy nhiên, người ta cho rằng nhu cầu '''thủy phân ATP''' đã tiến hóa độc lập ở hai nhóm virus này và chúng tình cờ tuyển dụng các ATPase từ cùng một dòng dõi.<ref name=krupovic2022 />

==Phân loại==
''Singelaviria'' là đơn hình xuống đến cấp bộ và chứa ba họ. Phân loại này được hiển thị dưới đây.<ref name=ictv >{{cite web|url=https://ictv.global/taxonomy|title=Virus Taxonomy: 2024 Release|website=talk.ictvonline.org|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025}}</ref>

* Vực: ''Singelaviria''
** Giới: ''Helvetiavirae''
*** Ngành: ''Dividoviricota''
**** Lớp: ''Laserviricetes''
***** Bộ: ''Halopanivirales''
****** Họ: ''[[Matsushitaviridae]]'', lây nhiễm cho vi khuẩn ưa nhiệt<ref name=matsuproposal />
****** Họ: ''[[Simuloviridae]]'', lây nhiễm cho cổ khuẩn ưa mặn<ref name=simuloprofile />
****** Họ: ''[[Sphaerolipoviridae]]'', lây nhiễm cho cổ khuẩn ưa mặn<ref name=sphaeroprofile />

Tất cả các singelavirian thuộc Nhóm I: virus dsDNA của hệ thống [[Phân loại Baltimore]], nhóm các virus lại với nhau dựa trên cách chúng sản xuất RNA thông tin và thường được sử dụng cùng với phân loại virus, dựa trên lịch sử tiến hóa.<ref name=varireorg /> Vực là cấp độ phân loại cao nhất được sử dụng cho virus và ''Singelaviria'' là một trong bảy vực. Các vực còn lại là ''[[Adnaviria]]'', ''[[Duplodnaviria]]'', ''[[Monodnaviria]]'', ''[[Riboviria]]'', ''[[Ribozyviria]]'', và ''[[Varidnaviria]]''.<ref name=ictv />

==Lịch sử==
Singelavirian đầu tiên được phát hiện là [[thực khuẩn thể IN93]], một matsuhitavirus được phát hiện vào năm 1995.<ref name=matsu1995 >{{cite journal|vauthors=Matsushita I, Yamashita N, Yokota A|date=January 1995|title=Isolation and characterization of bacteriophage induced from a new isolate of Thermus aquaticus|journal=Microbiol Cult Collect|volume=11|issue=|pages=133–138|doi=|pmc=|pmid=}}</ref> Sphaerolipovirus đầu tiên được phát hiện vào năm 2003: [[Virus Haloarcula Hispanic SH1]].<ref name=pawlowski >{{cite journal|vauthors=Pawlowski A, Rissanen I, Bamford JK, Krupovic M, Jalasvuori M|date=June 2014|title=Gammasphaerolipovirus, a newly proposed bacteriophage genus, unifies viruses of halophilic archaea and thermophilic bacteria within the novel family Sphaerolipoviridae|journal=Arch Virol|volume=159|issue=6|pages=1541–1554|doi=10.1007/s00705-013-1970-6|pmid=24395078|doi-access=free}}</ref><ref name=sphaeroprofile /> Cùng năm đó, [[Virus Natrinema SNJ1]] là simulovirus đầu tiên được phát hiện, nhưng ban đầu nó bị nhầm là một [[plasmid]] vì nó được phát hiện ở dạng provirus episome, giống với plasmid.<ref name=simuloprofile /><ref name=simuloproposal >{{cite web|vauthors=Liu Y, Du S, Chen X, Krupovic M|date=31 July 2020|title=Create one new family ''Simuloviridae'' including genus ''Yingchengvirus'' (formerly ''Betasphaerolipovirus'') moved from the family ''Sphaerolipoviridae'' (''Halopanivirales'')|url=https://ictv.global/ictv/proposals/2020.151B.R.Simuloviridae.zip|website=ictv.global|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025|format=docx}}</ref> Ba họ trong vực ban đầu được phân loại là ba chi trong họ ''Sphaerolipoviridae'' và được đặt tên là ''Alphaspherolipovirus'', ''Betasphaerolipovirus'', và ''Gammasphaerolipovirus''. Vào năm 2020, betasphaerolipovirus được đổi tên và chuyển sang họ ''Simuloviridae'',<ref name=simuloproposal /><ref name=betahistory >{{cite web|url=https://ictv.global/taxonomy/taxondetails?taxnode_id=201905061&taxon_name=Betasphaerolipovirus|title=History of the taxon: Genus: ''Betasphaerolipovirus'' (2019 Release, MSL #35)|author=|date=|website=ictv.global|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025|quote=}}</ref> và gammasphaerolipovirus được đổi tên và chuyển sang họ ''Matsushitaviridae''.<ref name=gammahistory >{{cite web|url=https://ictv.global/taxonomy/taxondetails?taxnode_id=201905063&taxon_name=Gammasphaerolipovirus|title=History of the taxon: Genus: ''Gammesphaerolipovirus'' (2019 Release, MSL #35)|author=|date=|website=ictv.global|publisher=International Committee on Taxonomy of Viruses|access-date=4 March 2025|quote=}}</ref><ref name=matsuproposal /> Từ năm 2019 đến năm 2024, singelavirian được phân loại trong vực ''Varidnaviria'', vực được tạo ra để chứa tất cả các virus có MCP nếp gấp cuộn thạch dọc.<ref name=vari /> Sau khi phát hiện ra rằng các virus mã hóa MCP nếp gấp cuộn thạch dọc đơn và đôi có nguồn gốc tiến hóa khác nhau, dòng dõi SJR-MCP dọc đã được trao vực riêng, ''Singelaviria'', vào năm 2025.<ref name=varireorg />
==Tham khảo==
{{reflist}}

==Đọc thêm==
* {{cite journal|vauthors=Ward CW|date=1993|title=Progress towards a higher taxonomy of viruses|journal=Res Virol|volume=144|issue=6|pages=419–453|doi=10.1016/S0923-2516(06)80059-2|pmc=7135741|pmid=8140287}}

{{Chưa phân loại|date=tháng 1/2026}}

Singelaviria - Lịch sử thay đổi

imported>Méiyue Lysithea: Đã thêm nhãn {{Chưa phân loại}}