Tuy chỉ trị vì trong 6 năm, nhưng Long Khánh Đế được xem là một trong những Hoàng đế thông thoáng nhất triều Minh. Thời kỳ của ông tiếp tục thiết lập trật tự xã hội ổn định, kinh tế phát triển hưng khởi, tiếp nối thành tựu từ thời Gia Tĩnh trung hưng, vì thế sử sách xưng gọi Long Khánh tân chính (隆慶新政).
Năm 1539, khi vừa lên 2 tuổi, ông được phong làm Dụ vương (裕王). Đến năm 1549, anh trai ông là Trang Kính Thái tử Chu Tái Duệ qua đời, xét theo thứ tự thì Dụ vương Chu Tái Kỵ sẽ được lập làm Hoàng thái tử nhưng Minh Thế Tông tin vào lời đồn "hai con rồng thì không thể ở cùng nhau" cộng với thấy Tái Duệ ở ngôi Thái tử không được lâu nên trì hoãn không chịu lập Thái tử. Tuy vậy ông vẫn ngầm được thừa nhận là người sẽ kế vị.
Năm 1567, Minh Thế Tông mất, Dụ vương Chu Tái Kỵ lên ngôi, lấy niên hiệu Long Khánh (隆慶), mở đầu cuộc Long Khánh tân chính (隆慶新政).
Long Khánh tân chính
Đế quốc Trung Hoa được Minh Mục Tông thừa hưởng đầy những xáo trộn gây ra bởi sự quản lý tồi và nạn tham nhũng. Để chấn chỉnh sự hỗn loạn do cha mình gây ra trong suốt một thời gian dài, Mục Tông đã thực hiện việc cải cách triều chính bằng cách sử dụng một loạt các quan lại có tài như Từ Giai, Cao Củng, Trần Dĩ Cần, Trương Cư Chính.
Ông cũng cho thả Hải Thụy và 32 quan lại bị khép tội triều trước, đồng thời bỏ tù Đạo sĩVương Kim, một sủng thần của cha mình. Bên cạnh đó, ông chủ trương nối lại quan hệ ngoại giao với các quốc gia châu Âu, châu Phi, giảng hòa với Mông Cổ. Long Khánh cũng đã đưa quân đẩy lùi quân Mông Cổ của Altan Khan, người đã cho quân xâm nhập Vạn Lý Trường Thành và đến tận Bắc Kinh. Một hiệp ước hòa bình để trao đổi ngựa lấy tơ đã được ký kết với quân Mông Cổ ngay sau đó.
Nhằm tăng cường an ninh biên giới trên đất liền và trên biển, ông đã bổ nhiệm những tướng lĩnh có tài như Du Đại Du, Thích Kế Quang trấn thủ vùng cảng biển Triết Giang và Phúc Kiến, ngăn chặn nạn cướp biển từ Nhật Bản (Oa khấu), vốn hoành hành một thời gian dài từ thời Minh Thế Tông.
Triều đại của Mục Tông, không giống với bất kỳ Hoàng đế nhà Minh nào trước đây, đã thấy sự phụ thuộc nặng nề vào các hoạn quan triều đình. Bất chấp sự khởi đầu đầy hy vọng ban đầu, Long Khánh đã dần chểnh mảng chính sự và bắt đầu theo đuổi sự hưởng thụ cá nhân. Hoàng đế cũng đưa ra một số quyết định mâu thuẫn như việc dùng lại các phương sĩ Đạo giáo mà chính ông ta đã cấm chỉ khi mới lên ngôi.
Qua đời
Năm 1572, ngày 5 tháng 7, Minh Mục Tông do dâm dục quá mức mà lâm bệnh qua đời, hưởng dương 35 tuổi. Trước khi qua đời, Mục Tông đã di mệnh lại cho các đại thần Cao Củng, Cao Nghi, Trương Cư Chính phò tá cho đứa con trai mới 10 tuổi của mình là Chu Dực Quân (朱翊鈞) lên kế vị, tức Minh Thần Tông, niên hiệu là Vạn Lịch.
Thần Tông tôn vua cha miếu hiệu là Mục Tông (穆宗), thụy hiệu là Khế Thiên Long Đạo Uyên Ý Khoan Nhân Hiển Văn Quang Vũ Thuần Đức Hoằng Hiếu Trang Hoàng đế (契天隆道淵懿寬仁顯文光武純德弘孝莊皇帝), gọi tắt là Mục Tông Trang Hoàng đế (穆宗莊皇帝). Mục Tông được chôn cất tại Chiêu lăng (昭陵).
Thân mẫu: Hiếu Khác Hoàng hậu Đỗ thị (孝恪皇后杜氏, 1510 - 1554), người ở Đại Hưng, là phi tần của Thế Tông với sơ phong là Khang phi (康妃). Sau khi qua đời, được truy tôn là Vinh Thục Khang phi (荣淑康妃). Đến khi Mục Tông kế vị, mới được truy tặng Hoàng hậu.
Hiếu An Hoàng hậu Trần thị (孝安皇后陈氏, ? - 1596), người Thông Châu, cha là Cẩm y vệ Cố An bá Trần Cảnh Hành (固安伯陳景行). Thời Minh Thần Tông, được tôn làm Nhân Thánh Hoàng thái hậu (仁圣皇太后). Sinh ra Thái Hòa công chúa.Tập tin:慈聖皇太后.jpgHiếu Định Hoàng thái hậu Lý thị
Tần Thục phi (秦淑妃), cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Tần Phụng (秦奉), Long Khánh thứ tư (1570) phong Thục phi (淑妃), năm sau sinh hạ Tê Hà Công chúa chết yểu, sau khi qua đời được ban thuỵ là Đoan Tĩnh Thục phi (端静淑妃).
Lưu Trang phi (劉莊妃, ? - 1582), cha là Cẩm y vệ Chính thiên hộ Lưu Hiền (刘贤), thuỵ là Cung Huệ Trang phi (恭惠莊妃), khi qua đời Minh Thần Tông nghỉ triều một ngày.
Lý Đức phi (李德妃, ? - 1632), cha là Cẩm y vệ Chính thiên hộ Lý Nại (李柰), năm Long Khánh thứ 4 (1570) phong Đức phi (德妃), thọ hơn 80 tuổi.
Vương Vinh phi (王榮妃, ? - 1580), cha là Cẩm y vệ Chính thiên hộ Vương Trạch (王泽), năm Long Khánh thứ 4 (1570) phong Vinh phi (荣妃), sau khi qua đời ban thuỵ là Trang Hy Vinh phi (庄僖榮妃), Minh Thần Tông nghỉ triều một ngày.
Nguỵ Anh phi (魏英妃, ? - 1575), vốn mang họ Vệ, cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Vệ Nghi (魏㫤). Năm Long Khánh thứ 4 (1570) phong Anh phi (英妃).
Lý Cung phi (李恭妃, ? - 1578), năm Long Khánh thứ 6 (1572) phong Cung phi (恭妃), qua đời ban thụy Chiêu Vinh Cung phi (昭榮恭妃).
Đổng Đoan phi (董端妃), cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Đổng Hùng (董雄). Năm Long Khánh thứ 4 (1570) phong Đoan phi (端妃), sau khi qua đời ban thụy Chiêu Huệ Đoan phi (昭惠端妃).
Trang Kính phi (莊敬妃, ? - 1580), năm Long Khánh thứ 6 (1572) phong Kính phi (敬妃), khi mất ban thụy Chiêu Tĩnh Kính phi (昭靖敬妃).
Giang Hiền phi (江賢妃), người Thông Châu, cha là Cẩm y vệ Chỉ huy thiêm sự Giang Thái (江泰). Hầu hạ Mục Tông từ tiềm để, Long Khánh nguyên niên (1567) phong Hiền phi (賢妃).
Diệp Kỳ phi (葉奇妃, ? - 1621), năm Long Khánh thứ 6 (1521) phong Kỳ phi (奇妃), qua đời ban thụy Chiêu Ý Kỳ phi (昭懿奇妃).
Vu Ý phi (于懿妃), năm Long Khánh thứ 6 (1572) phong Ý phi (懿妃), qua đời ban thụy Đoan Huệ Ý phi (端惠懿妃).
Hàn Dung phi (韓容妃, ? - 1630), cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Hàn Dung (韓洋). Năm Long Khánh thứ 5 (1571) phong Dung phi (容妃), sau khi qua đời ban thụy Khang Tĩnh Dung phi (康靖容妃).
Dương An phi (楊安妃, ? - 1576), cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Dương Đình Phụ (楊廷輔). Năm Long Khánh thứ 5 (1571) phong An phi (安妃), sau khi qua đời ban thụy Vinh Điệu An phi (榮悼安妃).
Triệu Hoà phi (趙和妃, ? - 1581), cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Triệu Thăng (趙昇). Năm Long Khánh thứ 5 (1571) phong Hòa phi (和妃), sau khi qua đời ban thụy Cung Tĩnh Hòa phi (恭靜和妃).
Mã Huệ phi (馬惠妃, ? - 1640), cha là Cẩm y vệ Đới bổng Chính thiên hộ Mã Việt (馬越). Năm Long Khánh thứ 4 (1570) phong Huệ phi (惠妃), sống thọ đến thời Sùng Trinh, sau khi qua đời ban thụy Đoan Khác Huệ phi (端恪惠妃).
Thứ phi Cao thị (高氏), nhập phủ từ tiềm để, vị trí chỉ sau Hiếu Ý Trang Hoàng hậu, có khả năng là qua đời sớm.[3]
Ngự thiếp Trần thị (陳氏), con gái Trần Triều (陳朝).
Ngự thiếp Lý thị (李氏), Lưu thị (劉氏), Trương thị (張氏), Giải thị (解氏).
Năm 4 tuổi tấn phong Lộ vương (潞王), say mê văn chương, rất thích học hành. Qua đời cùng lúc với Hiếu Định Hoàng hậu, tặng Giản vương (簡王).
Vợ là Vương phi Lý thị (李氏), con gái Thuận Thiên phủ Học sinh Lý Đắc Thời (李得時), trắc thất là Thứ phi Hà thị (賀妃), Dương thị (楊妃) và Triệu phi (趙妃, 1570 - 1601) vốn đều là cung nữ của Hiếu Định Hoàng hậu, có bốn con trai và bốn con gái.