The media handler extension for this file format is missing. Advanced media features may not work unless the file is viewed at Wikimedia Commons.
Tập tin gốc (kích thước tập tin: 1,6 MB, kiểu MIME: video/webm)

Miêu tả

Miêu tả
English: 3D space-filling model of Lidocaine under physiological conditions (pH 7.4) and under ALPB wetoctanol model.
Tiếng Việt: Mô hình không gian 3D của Lidocaine trong điều kiện sinh lý (pH 7.4) và mô hình dung môi ALPB wetoctanol.
Ngày
Nguồn gốc Tác phẩm được tạo bởi người tải lên
Tác giả Geoopt1234

Molecular Identifier

InChI: InChI=1S/C14H22N2O/c1-5-16(6-2)10-13(17)15-14-11(3)8-7-9-12(14)4/h7-9H,5-6,10H2,1-4H3,(H,15,17)/p+1
InChIKey: NNJVILVZKWQKPM-UHFFFAOYSA-O

Computational Methodology

  • Geometry Optimization: GFN2-xTB (xtb 6.7.1pre) with triple-extreme accuracy (--acc 0.0001 --ohess extreme --input gbsa_extreme.inp)
  • Solvent Model: ALPB implicit solvation of woctanol
  • Protonation State: Net charge = +1 at physiological pH 7.4
  • Convergence: gnorm = 0.000020673206

Visualization Details

Color Scheme (CPK):

  • Gray: Carbon
  • White: Hydrogen
  • Red: Oxygen
  • Blue: Nitrogen

Software & Sources

  • Structure Source: PubChem CID
  • Geometry Optimization: xtb 6.7.1pre (5071a88)
  • Molecular Editor: Avogadro 2 (1.102.1)
  • Visualization: Jmol-16.3.33
  • Animation: FFmpeg (ffmpeg -y -framerate 20 -i frame_%03d.png -c:v libvpx-vp9 -pix_fmt yuva420p -b:v 0 -crf 18 -loop 0 Lidocaine.webm)
  • InChI Generation: IUPAC InChI Web Demo

SDF and imaginary frequency check

Command : xtb Lidocaine.sdf --chrg 1 --alpb woctanol --acc 0.0001 --ohess extreme --input gbsa_extreme.inp where gbsa_extreme.inp file is

$gbsa
   gbsagrid=extreme
$end

ImaginaryFrequencyCheckFILE

eigval        -0.00    -0.00    -0.00     0.00     0.00     0.00
eigval        12.70    29.72    48.37    59.85    74.25    86.58
eigval        97.73   132.44   154.72   169.61   183.13   188.44
eigval       210.20   221.81   252.11   278.47   293.70   308.74
eigval       317.57   338.09   416.64   452.53   466.11   481.35
eigval       486.00   495.47   502.26   539.79   547.55   575.37
eigval       659.01   697.35   738.10   796.60   814.54   828.93
eigval       837.12   880.77   895.49   909.07   927.03   930.76
eigval       956.84   969.25  1007.85  1025.50  1028.36  1032.40
eigval      1050.79  1051.49  1063.45  1081.69  1097.88  1123.56
eigval      1145.10  1162.29  1174.77  1186.59  1188.34  1198.89
eigval      1220.97  1236.04  1246.17  1260.10  1288.61  1298.12
eigval      1307.48  1319.90  1326.09  1337.66  1395.89  1396.00
eigval      1399.70  1410.19  1419.81  1426.48  1443.40  1450.32
eigval      1454.05  1458.56  1474.26  1474.72  1478.18  1478.85
eigval      1480.66  1484.32  1486.63  1487.99  1588.73  1591.03
eigval      1715.29  2718.28  2994.93  2997.25  2999.61  3002.52
eigval      3006.12  3007.55  3009.36  3017.45  3018.28  3028.40
eigval      3045.93  3047.40  3052.37  3053.45  3056.46  3058.41
eigval      3068.21  3068.63  3079.09  3084.55  3096.12  3394.56

Lidocaineopt.sdf

energy: -51.327977043049 gnorm: 0.000020673206 xtb: 6.7.1pre (5071a88)
         11182520423D
40 40  0     0  0            999 V2000
   0.8242   -0.3337   -0.8775 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.1003   -0.2156    0.2554 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.4296    0.3391    0.9073 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.9973    0.3048    1.0859 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   4.2117    0.7508    0.0683 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.5725   -1.5533    0.7080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   0.7057    0.0712    0.2710 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.8176    1.8992   -0.8473 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   4.2276   -2.3403   -0.4165 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.7319    0.2205    0.3384 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.5301    1.3669    0.2927 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.1914   -1.0125   -0.1241 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.8037    1.2646   -0.2458 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.4702   -1.0712   -0.6656 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.0150    2.6776    0.8094 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.3515   -2.2489   -0.0340 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -4.2695    0.0542   -0.7289 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.6127   -0.3638   -0.6716 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   1.9562   -0.2055    2.0483 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.1237    1.3744    1.2594 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   4.5167    1.1174    1.0503 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   5.0502    0.2176   -0.3775 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   4.2653   -1.4107    1.5392 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   2.7041   -2.1140    1.0562 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   4.6801    2.5414   -1.0031 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.4966    1.5282   -1.8180 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.0218    2.5117   -0.4324 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   4.4800   -3.3320   -0.0510 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   3.5441   -2.4576   -1.2544 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   5.1449   -1.8801   -0.7722 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.3920    0.7697    1.8220 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -4.4328    2.1407   -0.2923 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -3.8427   -2.0151   -1.0341 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -2.7161    3.4736    0.5751 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.8938    2.6470    1.8925 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.0551    2.9221    0.3576 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -1.9615   -3.1314   -0.2042 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.5681   -2.2224   -0.7911 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -0.8834   -2.3302    0.9456 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -5.2609   -0.0115   -1.1510 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
 1  7  2  0  0  0  0
 2  4  1  0  0  0  0
 2  5  1  0  0  0  0
 2  6  1  0  0  0  0
 2 18  1  0  0  0  0
 3  7  1  0  0  0  0
 3 10  1  0  0  0  0
 3 31  1  0  0  0  0
 4  7  1  0  0  0  0
 4 19  1  0  0  0  0
 4 20  1  0  0  0  0
 5  8  1  0  0  0  0
 5 21  1  0  0  0  0
 5 22  1  0  0  0  0
 6  9  1  0  0  0  0
 6 23  1  0  0  0  0
 6 24  1  0  0  0  0
 8 25  1  0  0  0  0
 8 26  1  0  0  0  0
 8 27  1  0  0  0  0
 9 28  1  0  0  0  0
 9 29  1  0  0  0  0
 9 30  1  0  0  0  0
10 11  2  0  0  0  0
10 12  1  0  0  0  0
11 13  1  0  0  0  0
11 15  1  0  0  0  0
12 14  2  0  0  0  0
12 16  1  0  0  0  0
13 17  2  0  0  0  0
13 32  1  0  0  0  0
14 17  1  0  0  0  0
14 33  1  0  0  0  0
15 34  1  0  0  0  0
15 35  1  0  0  0  0
15 36  1  0  0  0  0
16 37  1  0  0  0  0
16 38  1  0  0  0  0
16 39  1  0  0  0  0
17 40  1  0  0  0  0
M  CHG  1   2   1
M  END
$$$$

Giấy phép

Tôi, người giữ bản quyền tác phẩm này, từ đây phát hành nó theo giấy phép sau:
Creative Commons CC-Zero Tập tin này được phân phối theo Creative Commons Hiến tặng vào Phạm vi Công cộng Toàn thế giới CC0.
Người nào gán tài liệu này với tác phẩm nghĩa là đã hiến tác phẩm cho phạm vi công cộng bằng cách từ bỏ mọi quyền lợi của người đó đối với tác phẩm theo quy định của luật bản quyền, có hiệu lực trên toàn thế giới và các quyền lợi pháp lý phụ mà người đó có được trong tác phẩm, đến mức độ mà luật pháp cho phép. Bạn được tự do sao chép, phân phối, và biểu diễn tác phẩm này, tất cả đều không bắt buộc ghi công.

Chú thích

Mô hình không gian 3D của Lidocaine trong điều kiện sinh lý (pH 7.4) và mô hình dung môi ALPB wetoctanol.

Khoản mục được tả trong tập tin này

mô tả

Lịch sử tập tin

Nhấn vào ngày/giờ để xem nội dung tập tin tại thời điểm đó.

Ngày/giờHình xem trướcKích cỡThành viênMiêu tả
hiện tại22:17, ngày 18 tháng 11 năm 2025Hình xem trước của phiên bản lúc 22:17, ngày 18 tháng 11 năm 2025 (1,6 MB)wikimediacommons>Geoopt1234Uploaded own work with UploadWizard

Chưa có trang nào ở Wikipedia tiếng Việt liên kết đến tập tin này.