Giải đấu gồm hai vòng bảng đầu tiên áp dụng thể thức vòng tròn, trong đó hai đội đi tiếp tới vòng tiếp theo hiệu số điểm thắng bại: ở vòng đầu tiên, Canada bị loại dù có thành tích 2 thắng 1 bại do thua đậm trước Mexico và không thể thắng đủ đận trước Nam Phi; và ở vòng thứ hai, Nhật Bản đã suýt soát tiến vào vòng tiếp theo dù có thành tích 1 thắng 2 bại nhờ chiến thắng đậm trước México và chỉ thua sát nút trước Hàn Quốc so với Hoa Kỳ. Hầu hết các đội hạt giống cao hơn đều tiến vào vòng hai.
Mặc dù Hàn Quốc đã đánh bại Nhật Bản trong hai lần ở hai vòng bảng trước đó, Nhật Bản đã giành chiến thắng trong lần tái đấu tại bán kết để tiến vào chung kết gặp Cuba, đội đã đánh bại Cộng hòa Dominica ở trận bán kết còn lại. Nhật Bản đã đánh bại Cuba với tỷ số 10–6 để đăng quang ngôi vô địch kì WBC đầu tiên.
Giải World Baseball Classic lần đầu tiên có sự tham gia của 16 đội, chia làm bốn bảng đấu vòng tròn. Mỗi đội sẽ thi đấu với ba đội còn lại trong bảng của mình một lần, và tại vòng một được xếp hạng theo tỷ lệ thắng để xác định hai đội đứng đầu mỗi bảng tiến vào vòng thứ hai, nơi các đội từ bảng A và B (trong bảng I) và các đội từ bảng C và D (trong bảng II) thi đấu vòng tròn với nhau.
Tại vòng hai, các đội được xếp hạng theo thành tích tại vòng này, nhằm xác định hai đội đứng đầu mỗi bảng giành quyền vào vòng bán kết theo thể thức loại trực tiếp, trong đó đội nhất và đội nhì mỗi bảng sẽ đối đầu nhau để xác định hai đội vào tranh chức vô địch World Baseball Classic tại trận chung kết.
Trong trận chung kết, đội có tỷ lệ thắng cao hơn trong suốt giải đấu sẽ được xếp là đội sân nhà (tấn công sau). Nếu các đội vào tới trận chung kết có tỷ lệ thắng bằng nhau, thì World Baseball Classic, Inc. (WBCI) sẽ tiến hành tung đồng xu hoặc bốc thăm để xác định đội chủ nhà.
Trong hai vòng đầu tiên, các trường hợp hòa sẽ được phân định theo thứ tự ưu tiên sau:
Đội hơn về thành tích đối đầu trực tiếp;
Đội thua ít điểm nhất mỗi chín hiệp (RA/9) trong các trận đối đầu giữa hai đội có số điểm bằng nhau;
Đội có số điểm mất trung bình mỗi chín hiệp (ERA) thấp nhất trong các trận đối đầu trực tiếp giữa hai đội có cùng số điểm;
Đội có chỉ số đánh bóng trung bình (AVG) cao nhất trong các trận đối đầu giữa các đội hòa nhau;
Lễ bốc thăm do World Baseball Classic, Inc. (WBCI) tổ chức.
Danh sách cầu thủ
Mỗi liên đoàn quốc gia tham gia đã nộp danh sách sơ bộ gồm 45 cầu thủ, trước khi chốt danh sách cuối cùng gồm 28 cầu thủ, trong đó phải có tối thiểu 13 cầu thủ giao bóng và hai cầu thủ bắt bóng sau đó. Nếu một cầu thủ trong danh sách đã nộp không thể thi đấu, thường là do chấn thương, anh ta có thể được thay bất cứ lúc nào trước khi giải đấu khởi tranh.
Địa điểm
Giải đấu đã được đăng cai trên bảy sân vận động khác nhau:
Các đội tuyển tham dự kỳ World Baseball Classic đầu tiên được chọn trên tiêu chí là "các quốc gia có phong trào bóng chày mạnh nhất trên thế giới và có tính đại diện toàn cầu cho sự kiện này",[1] và đã không có cuộc thi vòng loại chính thức. Ngoài ra, bấy giờ Liên đoàn bóng chày quốc tế (IBAF) chưa tổ chức xếp hạng để xác định năng lực của các đội tuyển quốc gia.[2][3]
Giải đấu World Baseball Classic 2006 đã cấp phép mô phỏng hình ảnh cho trò chơi điện tửMajor League Baseball 2K6 của hãng 2K Sports, trong đó bao gồm chế độ chơi mô phỏng giải đấu bao gồm toàn bộ 16 đội tuyển tham dự.[5]